垂直流超净工作台和水平流超净工作台有不同的效果。超净工作台根据气流的方向分为垂直流超净工作台和水平流超净工作台，垂直流工作台风机在顶部，噪音较大，风垂直吹多用在医药工程，垂直流风保证人的身体健康；水平流工作台噪音较小，风向往外，多用在电子行业。
1、水平层流超净工作台：是一种通用性较强的局部洁净工作台，它广泛用于电子、国防、精密仪器、仪表、制药行业等。
2、垂直层流超净工作台：垂直单向流超净工作台广泛应用于需要局部洁净的区域。实验室、生物制药、光电产业、微电子、硬盘制造等领域。
水平送风与垂直送风工作台都能满足实验需要，所要考虑的就是气流流型（根据实验看哪种送风形式对实验影响最小）。
一般都是用垂直的；垂直送风的也就是垂直向下吹，垂直流形，准闭合式台面，可有效防止外部合流透入及操作异味对人体的刺激。如果在工作台里放显微镜,那垂直送风的气流会被显微镜阻挡，这种情况就要选择水平风；但一般的实验都用垂直的，玻璃门一般都是上下移动的。
总的来说，水平与垂直送风不存在明显的优劣之分，根据实验要求选择合适的类型。
超净台使用寿命的长短与空气的洁净度有 。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由 大气中含有 量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。
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