洁净空调系统一般分为叁大类：
1.集中式洁净空调系统 ：在系统内单个或多个洁净室所需的净化空调设备都集中在机房内，用送风管道将洁净空气配给各个洁净室。
2.分散式洁净空调系统：在系统内各个洁净室单独设置净化设备或净化空调设备。
3.半集中式洁净空调系统：在这种系统中，既有集中的净化空调机房，又有分散在各洁净室内的空气处理设备。是一种集中处理和局部处理相结合的形式。
人们一般按系统内各洁净室的洁净度来命名系统，如称之为100级净化空调系统，1000级净化空调系统等。有时也按系统的末级过滤器的性质来区分，分高效空气净化系统，亚高效空气净化系统和中效空气净化系统。