对于一些生产工艺单一，洁净室分散，不能或不宜合为一个系统，或各个洁净室无法布置输送系统和机房等场合，应采用分散式洁净空调系统 ，在该系统中把机房、输送系统和洁净室结合在一起，自成系统。在分散式洁净空调系统中，在各个洁净室或邻室内就地安装净化和空调设备或净化空调设备。 净化空调设备可以是一个定型机组产物，它具有净化功能，但处理的风量较少，往往不能满足较高洁净度的洁净室所需风量，系统处理过程往往是一次回风系统。
由于净化空调设备内风机要求克服热交换盘管、通道及几级过滤器的阻力，所需压力很高。为了安装于设备内，体积不可能很大；如采用较高转数来达到所需压力，噪声震动又较大。国内设备状况，这类机组发展较慢。众所周知，洁净室内除了一些必要设备外，尽可能把设备设置在室外，加上人员人数严格控制等，洁净室的热湿负荷通常比普通空调室小，但需风量却比一般空调室大，这就从另一个角度限制了净化空调设备的使用范围。为了解决这一题，正分散式净化空调系统中，可以将风机一过滤器单元等局部净化设备放在洁净室内，或设置于邻室、套间，顶棚内等处而与洁净室相联。或利用邻室、套间，顶棚等作静压箱，并在内设置普通空调机组，以作混风和空调处理用。它的处理过程可看作二次回风。 空调机组实际上是一个小型空调系统，它的冷源通常采用压缩式制冷机组，热源在容量不大和要求灵活性大时可采用电热。空气处理设备主要是制冷机的蒸发器，电加湿器及电加热器。当洁净室温度，湿度全年的控制精度要求较高，可采用恒温恒湿机组，它能自动调节空气温湿度，以维持室内一定温度，湿度。当洁净室仅要求夏季舒适性空调，即仅在夏季降温去湿，可采用冷风机组。它与恒温恒温机组主要区别在于没有自动控制（采用手动控制），电加湿器和电加热器。如果是容量小的空调机组（冷量小于7kW,风量小于1200m³/h）可做成窗台式。容量大的（冷量小于70kW，风量小于20000m³/h）为立柜式。
上述这种将空调和净化两种功能分开处理的作法，不仅解决洁净室热湿负荷小、处理风量大的难题，而且使系统更为灵活。由于利用套间或顶棚作静压箱，使空气环路断面大-输送路线短，对空调机组和净化设备的风机压头要求不高，因此相应噪声与能耗也不高．净化设备也可适应洁净室需要，采用多种形式，与空调机组几乎没有关联．这种形式在我国应用很广泛。但是这种系统的新凤往往只是靠套间或顶棚等产生负压而渗透进来，不能有效控制，无法满足室内卫生要求。洁净空间内可通过送风量差值控制来建立正压，但在套间中的负压并不一定使室外新风通过新风过滤器进入套间，往往透过其他途经（从走廊及窗等）渗入，套间内浓度很不稳定．这样不仅会影响过滤器使用期，而且也可能涉及到洁净空间内的洁净度，这是一个易被人忽视的问题。象上海城市建设学院的多功能洁净实验室，就在套间中增设了亚高效新风净化机组。由于它配有可调风量风机，不仅可使套间
内保持正压，稳定套间内空气浓度；而且保证了洁净空间内新风补给。 某些场合也可以用中效新风净化机组。
全分散式净化空调系统的最大特点就是灵活、简易。它可满足不同房间的不同送风要求。当室内热湿负荷变化时，调节系统反应快，也不影响其他各室进风参数，洁净空间小而单一，管理比较方便，洁净度也易保证。加上没有输送管系及专用机房，节约了输送能耗及沿途冷热损失和污染，减少了辅助占地面积。另外空调机组体积小，现场安装工作量少，操作使用也方便，不需要专门熟练操作工人。